Contrastare le future pandemie attraverso l’analisi dei dati dei genomi ricombinanti dei virus: nella prospettiva di valutare questa possibilità, uno studio pubblicato sulla rivista Nature Communication presenta i promettenti risultati di RecombinHunt, un nuovo metodo data-driven sviluppato dal Dipartimento di Elettronica, informazione e bioingegneria del Politecnico e dall’Università di Milano, in grado di riconoscere, con precisione ed efficienza computazionale, genomi ricombinanti di SARS-CoV-2 con uno o due punti di rottura.

La ricombinazione, cioè la composizione di due o più genomi virali per formare un nuovo genoma, è un meccanismo molecolare per l'evoluzione e l'adattamento dei virus.

Sulla spinta della pandemia COVID-19, sono stati proposti diversi metodi per rilevare genomi ricombinanti del virus SARS-CoV-2; tuttavia finora nessuno è stato in grado di confermare fedelmente le analisi manuali degli esperti del settore.

ReconbinHunt è risultato più efficace di tutti gli altri metodi già sviluppati e conferma fedelmente le analisi manuali degli esperti.

La ricerca si è sviluppata nel contesto del PRIN PNRR 2022, progetto SENSIBLE (Small-data Early warNing System for viral pathogens In puBLic hEalth): «Il nostro obiettivo – spiega Anna Bernasconi, responsabile del progetto SENSIBLE - è costruire strumenti di warning per anticipare e contrastare nuove epidemie e pandemie virali».

Il metodo identifica anche i genomi virali ricombinanti della recente epidemia di vaiolo delle scimmie con un'elevata concordanza con le analisi curate manualmente dagli esperti, suggerendo che l’approccio è robusto e può essere applicato a qualsiasi virus epidemico o pandemico, costituendo un importante strumento per contrastare future pandemie.

«Lo studio dimostra come lo sviluppo di metodi computazionali innovativi ed efficienti ci consente di apprezzare in maniera più precisa e rigorosa l’evoluzione dei patogeni e le eventuali implicazioni per la salute dell’uomo» osserva Matteo Chiara, docente di Biologia molecolare dell’Università di Milano e co-responsabile del progetto SENSIBLE.

«La ricerca è stata possibile grazie allo straordinario contributo di laboratori da tutto il mondo – sottolinea infine Stefano Ceri, informatico, professore del Politecnico milanese - che hanno reso disponibili alla comunità internazionale oltre 15 milioni di sequenze virali».